#NEXUS

begin data;
dimensions ntax=5 nchar=448;
format datatype=DNA symbols="ATGC" matchchar='-' interleave
 gap='.' missing='?';
options gapmode=newstate;
[*   1------------------------------------------------------------------------*
*** 
*** SAMPLE ALIGNED NUCLEOTIDE DATA ALIGNED 8/31/90 
*** WITH DOOLITTLE SUBPROGRAM OF MBIR PACKAGE (EUGENE)
*** CONVERT THIS DATA BY SELECTING CONVERT N-IN TOÉ BOTH UNDER N-IN MENU
*** TAXA ARE COW, HUMAN, MOUSE & XENOPUS (FROG), AND PARACENTROTUS (URCHIN)
*** ALL SEQUENCES EXTRACTED FROM GENBANK
*** GENE IS PORTION OF SMALL RIBOSOMAL RNA-ENCODING MTDNA
*** NO ATTEMPT HAS BEEN MADE TO FIND A MORE OPTIMAL ALIGNMENT FOR THIS DATA
***
 REPORT '(multalign -ms -n -f 0_{12s-vert+zurch -tr -op 2.5 -in 0.5   )' (
 89 lines)
*   1------------------------------------------------------------------------*
*** SHOW SEQUENCE ALIGNMENT

*** Aligned sequences
C1 ( 1f) |>u 1280>----- vertcow (439 bases)----->u 842>|
C2 ( 1f) |>u 1496>----- verthum (431 bases)----->u 1066>|
C3 ( 1f) |>u 919>----- vertmus (436 bases)----->u 484>|
C4 ( 1f) |>u 2915>----- vertxen (432 bases)----->u 2484>|
C5 ( 1f) |>u 883>----- zurchin (406 bases)----->u 478>|

*** Alignment of first sequence with all others displayed
*** Key
    UPPER CASE = aligned non-identical bases
    lower case = unaligned bases
    ---------- = aligned identical bases
    .......... = gap
]

matrix
[        0.........1.........2.........3.........4.........5.........6
         0.........0.........0.........0.........0.........0.........0]
vertcow   AGGGTGACGGGCGGTGTGTGCGTGCTTCATGGCCTAATTCAA.CTAAGCACTCTATTCTT
verthum   -------------------A--C------G----CTG-----.------------C----
vertmus   -----------------------A------T--TC-------t.-----T----------
vertxen   ----------------------C---C--G----GTT--A--gAGG-A-T----TG-T-C
zurchin   --A----------A-----A--CAT-C--GA--TCTT----g.-CCCATTT------TGG

vertcow   AGTTTACTGCTAAATCCTCCTTTGGTT..ATTGGTTTCATAA.TAACTTTCGTGCTTGAT
verthum   -----------------A----C-ACCc.T-AA--------a.GGG--A----..A.-T-
vertmus   -A------A-------------A-TCC..T--A---------aGGG.-A-A--..AATG-
vertxen   TC---------------G-----TC-CgaTC----------GaG-T-------..-.T--
zurchin   G-C--------G-----AA---CTAAAga----.------TTc--T.-----C..-.-G-

vertcow   TCTCTTGGTGTAGAGAATGTAGCCCATTTCTTCCCATTTCATAGGTTACACCTTGACCTA
verthum   -.---G--.-----A-----------------G---CC----G--C--------------
vertmus   ---T--AT.AA.--A---------------------------T--C--------------
vertxen   ---AAG-T.A----A---------------------C------T-C-------------G
zurchin   CG-....T.AA-A-C-T------T--C-CA------GC-T--GT-C-G--------T--G

vertcow   ACGTTTTTATGTATCATAATTA..CGCTTACTTTTTTTCCTTTTT.AGGGTTTGCTGAAG
verthum   ----C----C--GGGTACT-g...----------G-AG----CA-c--------------
vertmus   ------------T-G--TC--Ttg-..-------.AA-A-C----t--------------
vertxen   ----G--G---A-AA--C----..A--C----AAGAA--TC-CACg---.-GG----GC-
zurchin   ----C-GG..-A--TT-CCC--ggA--CA----......TC--AAg-A-.-AGA--T-C-

vertcow   ATGGCGGTATATAGACTGTATTAGCAAGAATTGGTGAGGTTTATCGGGGTTTATCGATTA
verthum   --------------G---A....------GG----------G------------------
vertmus   --------------G---A----------GA---------AG-G----------------
vertxen   -C--T---------G-G-GT--G-------G------------G--A--GG---------
zurchin   -C-AT------C-AG---AT---.---A-G----------G-T---T--A---------C

vertcow   TAGAACAGGCTCCTCTAGAAGGATATAAAGCACCGCCAAGTCCTTTGAGTTTTAAGCTGT
verthum   C------------------G------G-----------G---------------------
vertmus   -------------------T----------T---------------------------A-
vertxen   C-----------------GT--G-T-GG-------------------G----------TA
zurchin   A-TGG--A----.--C--GGA-G---GG-AA------------------------A--T-

vertcow   T.GCTAGTAGTACTCTGGCGAATAATTTTGTTTATGTAA.TTATCTGTGTTTAGGGCTAA
verthum   G.---C-----GT--------GC-G-------G-.T-T-aC-G-TGAG------------
vertmus   G.---------T-------A----G-------A-AT-T-a----T-AG-----T------
vertxen   G.---C-----..-------....GA---.--GC.----g-AG--AAA-----T-----G
zurchin   -a-T-T-----..---CTG-...........-GC.T--Gg--G-......---C-T----

vertcow   GCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
verthum   ----------------------------
vertmus   ----------------------------
vertxen   ----------------------------
zurchin   -T-----A-------------TG----A
;
end;